Въпреки че е основан през 1944 г., клубът не може да се похвали с някакви особени успехи. През 2003 г. все пак спечели титлата и участва в Шампионската лига на Азия. Миналата година завоюва "Хазфи къп", турнир с участието на носителите на Купите на държавите от Азия. Късметът на "Сепахан" бе, че шампионът на Иран - "Пирузи", бе дисквалифициран от азиатската Шампионска лига. Тимът се възползва максимално от шанса и стигна до финал, но го загуби от "Урава Ред Даймъндс" с 1:3.

Най-важните играчи в "Сепахан" са националът Махран Навидкия, играл в Бундеслигата за "Бохум", вратарят Абас Мохамади, както и нападателят Емад Мохамед. Последният е национал на Ирак и бе в основата на спечелването на Купата на Азия през тази година. Треньор на "Сепахан" е хърватинът Лука Боначич.