През 2007 г., когато агенцията за инвестиции отчиташе рекорди в привлечените чужди вложения, самата структура се е управлявала безконтролно. Това отчита в свой доклад Сметната палата. Правени са недопустими харчове, няма почти никакъв финансов контрол, а документацията е водена небрежно. Одиторите са открили, че в нея не е имало лимит на представителните разходи. През годината ведомството е похарчило за тази цел 31 689 лв., но се е опитало да ги осчетоводи в графата "други" в нарушение на бюджетните процедури. Ползването на служебните автомобили е абсолютно безконтролно. Сметната палата е хванала и плащания на сметки за мобилни телефони на хора, които не работят в агенцията.
Служителите й недопустимо са съвместявали длъжности, а на трима от тях са плащани допълнително проценти за прослужено време и стаж.
През цялата 2007 г. не е направена нито една обществена поръчка, въпреки че многократно е имало основания за това. Само веднъж шефът на агенцията Стоян Сталев е разпоредил да се съберат три оферти - за купуване на нов автомобил. След това обаче е сключен договор с фирма, за която не може да се установи, че е подавала оферта, пише в доклада.
Нито едно от изискванията на Закона за финансовото управление и контрол не е изпълнено. Не са разработени например вътрешни правила за управление на риска, не се спазва правилото за двойния подпис на важни документи.
Въпреки това в годишните отчети, които агенцията е представяла на принципала си - министъра на икономиката и енергетиката, си е поставила оценка "много добър" на системите за контрол.
