Първият протест в историята на БАН доведе до моментална намеса на премиера Бойко Борисов и сериозно отстъпление от намерението за драстични реформи в академията. Близо 2000 учени от всички институти се събраха като под строй пред Народното събрание, за да протестират срещу непоследователната политика на правителството спрямо академията. Само час по-късно премиерът Борисов обяви, че е помирил враждуващите страни. "Неслучайно и за мое най-голямо съжаление, когато хората дойдат при мен, накрая се разбират и нещата си тръгват. Нека да го наречем и култура на прехода", обобщи Борисов.
Бунтът беше подпален от апокрифен законопроект, който закрива централното управление на институтите и ги оставя като самостоятелни второстепенни разпоредители към министерствата. Това на практика означава край на БАН като такава и възможност за по-директна намеса в работата на институтите. Проектът така и не бе представен официално.
"Трябваше да ни организират по-добре - да ни дадат от тези свирещите неща. Сега нищо не се чува", притесняваха се, че не вдигат шум научните сътрудници. Имената на министрите Дянков и Игнатов обаче се чуваха достатъчно добре. За тях бяха и посланията от плакатите: "Игнатов - месия на НЕуките". "Левски я направи. Дянков я продаде". "От Дякон-Игнатий до Дянков-Игнатов". "Дянков - хунвейбин". Представителите на Ботаническата градина бяха издигнали алтернативен плакат: "Цветята не разбират от криза. Бойко Борисов".
Липсата на свирещи неща бе компенсирана от тежки слова и имена. "Представете си, че там се издига едно великанско дърво на 140 години. Това е Българската академия на науките. Ако можехме да видим неговите корени, ще се повдигне паважът и паметникът на Васил Левски. БАН е центърът на културата и науката в България", даде тон на изказванията писателят и академик в БАН Антон Дончев. Патосът значително спадна след кратка среща на протестиращи с Бойко Борисов. Той обяви, че проблемът е резултат от поредица спекулации и на двете страни. И отсече, че централното управление на БАН няма да се закрива въпреки противоположното становище на просветния министър Сергей Игнатов.
Премиерът даде да се разбере и че правителството ще остави БАН да приключи започнатото сливане на институти и атестиране на служителите, въпреки че според Игнатов сливането е безсмислено и ще доведе само до конфликти. За сметка на този компромис академията се е съгласила в ръководството й да бъде включен представител на финансовото министерство, който да поеме като заместник-председател финансовите и стопански дела на БАН. Според просветния министър Сергей Игнатов, който мълча по време на изказването на премиера, зам.-председателят ще има големи правомощия и ще определя окончателно бюджета на отделните институти.