ОМО "Илинден-Пирин" удари на камък в Комисията на ЕС, която отказа да се занимава с оплакването му, че България не го регистрира като партия. Европейският свободен алианс (ЕСА), който играе ролята на застъпник за македонистите в Европарламента, бе изпратил на 26 октомври писмо до председателя на ЕС Жозе Барозу да се намеси. Отговорът дойде на 9 ноември от ръководителката на екипа за България в дирекция "Разширяване" на ЕС Бриджет Чарнота, която писа, че "Еврокомисията няма компетентност да се намесва при отделни случаи като регистрирането на политическа партия". Тя препоръча въпросът да се отнесе до Комитета на министрите на Съвета на Европа.

Въпреки че бе препратен на друг адрес, ЕСА, чиито петима депутати в Европарламента образуват обща група със "зелените", заяви на 13 ноември в електронната си страница: "Европейската комисия обявява България, че не изпълнява демократичните си задължения". Председателката на ЕСА Нели Маес (фламандка от Белгия) обаче схвана посланието на Брюксел и се закани: "Ще пишем на 46-те министри на външните работи на страните от Съвета на Европа с искане да разследват това флагрантно неподчинение".

Евросъюзът (ЕС) и Съветът на Европа (СЕ) са различни организации. Към Съвета на Европа е Европейският съд за правата на човека, който от 2001 до 2006 г. осъди 4 пъти България, че не регистрира ОМО "Илинден" (представящо са за правозащитна организация) и ОМО "Илинден-Пирин", което се афишира като политическа партия. Комитетът на министрите към СЕ следи за прилагането на решенията на съда в Страсбург. България ги изпълнява, като заплаща наложените й санкции за нематериални щети на македонистите, които се жалват въз основа на чл. 11 от конвенцията за правата на човека (право на сдружаване). Глобите са от 3000 до 10 000 евро.

Последните оплаквания на омовци от България бяха прокарани в групата на "зелените" в Европарламента чрез посредничеството на базираната в САЩ от 2004 г. "Обединена македонска диаспора" и от създаденото през 1986 г. "Международно движение за човешки права на македонците". Зелената депутатка Ели де Хрун-Кувенхофен отказа да оттегли подписа си под внесената от четирима "зелени" поправка към проектодоклада на Джефри ван Орден, настояваща за регистриране на ОМО "Илинден-Пирин". Поправката няма шанс да мине, защото трябва да бъде подкрепена поне от две големи политически групи в ЕП. "Зелените" са четвърта сила. Преди тях са християндемократите, социалистите и либералите, в чиито групи има български наблюдатели, които твърдо се противопоставят на македонисткия демарш.