България изкара, че не тя, а Съдът за правата на човека в Страсбург нарушава религиозните права на хората. Министерството на правосъдието сезира от името на държавата Голямата камара в Страсбург, за да оспори решението от 22 януари 2009 г. на Петата (обикновена) секция на същия съд, който постанови, че властта незаконно се намесва в църковния спор за лидерството на БПЦ.

В последния момент, преди решението да влезе в сила, България изпрати искане за разглеждане на казуса от Голямата камара, която обаче няма функциите на апелативен съд. Тя се занимава само с дела, които са с фундаментално значение за правилното тълкуване на Европейската конвенция за правата на човека. Петчленен колегиум на съда, съставен от неговия председател, от председателите на два от секционните състави и от двама други съдии (на ротационен принцип), ще трябва да прецени дали българският казус отговаря на условието.

Правосъдното министерство обвинява съда, че като е приел жалбата на разколниците около Инокентий, се е намесил в църковния канон, който постановява, че патриархът е пожизнен и не може да има опоненти. Държавата смята, че е имала право да се намеси срещу тях (включително и със сила), защото е била длъжна да възстанови обществения ред.

Съдът в Страсбург обаче изрично постанови, че не се изказва по канонични въпроси, а само констатира, че държавата се е намесила в спора, с което е нарушила чл. 9 от конвенцията за свобода на религията. България твърди, че европейският съд въобще не е трябвало да се произнася, защото така е "отворил възможност за нарушаване на правата на вярващите според чл. 9 от конвенцията да се придържат към каноничния закон и да следват своя даден от Бога ръководител". Държавата смята също, че не е редно Страсбург да обръща внимание как е избран патриарх Максим през 1971 г., защото тогава тя не се е била присъединила към конвенцията, подписана от нея на 7 септември 1992 г. (а не на 7 май 1992 г., както пише Министерството на правосъдието).